氯基复合肥是指以氯化钾、氯化铵为钾源加工配制而成的含氯复合肥。硫基复合肥是以硫酸钾为钾源或将氯化钾脱去氯离子制成的复合肥。氯基复合肥与硫基复合肥具体区别主要有以下几点：
1、成分不同：硫基复合肥中含氯量低，国家标准小于3%，且含大量硫元素，能有效改善土壤缺硫症状；而氯基复合肥含有大量氯元素，对一些作物有不良影响。
2、工艺不同：硫基复合肥中氯离子含量极低，生产过程中脱去了氯离子；而氯基复合肥在生产过程中没有去掉对忌氯作物有害的氯元素，因此产品中含有大量氯。
3、适用范围不同：氯基复合肥对忌氯作物的产量和品质均有不良影响，严重降低该类经济作物的经济效益；而硫基复合肥适用于各类土壤和各种作物，且能有效提高各类经济作物的外观、品质，可显着提高农产品等级。
4、施用方法不同：氯基复合肥可作基肥和追肥，不宜作种肥，作基肥时在中性和酸性土壤上宜与有机肥、磷矿粉等配合混合使用，作追肥时宜提早施用。而硫基复合肥可作基肥、追肥、种肥和根外追肥。
那么究竟哪一种肥施用效果好呢？现在很多农民朋友受广告宣传的影响，都认为硫基的好，这是不正确的。
对于经济作物，尤其是对需硫较多的蔬菜如洋葱、韭菜、大蒜等或对缺硫比较敏感的油菜、甘蔗、花生、大豆和菜豆上施用硫基复合肥效果较好，但在水生蔬菜和麻类作物上施用氯基复合肥反应较好，因为氯离子是麻类作物所必需的，它能促进纤维发育，增强纤维的韧力。
对于大田作物，如玉米、水稻、大豆、小麦等作物，两种类型的复合肥的肥效是一样的，没有差别。而真正以硫酸钾为原料的复合肥，价格都很高，因为硫酸钾的价格太高了，所以在大田作物上，用硫基复合肥都是没有必要的，也是不划算。
对于氯基复合肥的使用要根据作物对氯离子的敏感程度，具体分为喜氯作物：椰子、洋葱、菠菜、芹菜、甘蓝等；耐氯较强的作物：甜菜、水稻、谷子、高粱、大麦、小麦、玉米、茄子、豌豆、菊花等；耐氯中等的作物有：棉花、大豆、油菜、番茄、柑橘、葡萄、茶、葱、萝卜等；忌氯作物有：莴苣、四季豆、烟草、薯芋类等。三氮素功效大不同
铵态氮在带阴离子的土壤胶体中容易被吸附，而硝态氮则不能被吸附，具有更大的移动性。
硝态氮被植物吸收后，要经过硝酸还原酶和亚硝酸还原酶还原成铵态氮后，才能进一步合成氨基酸。
尿素氮是生产干粉法粒状复混肥常用的氮源，施入土壤后一般要经过脲酶水解，转化成铵态氮肥，才能被植物大量吸收利用。
水稻施用铵态氮的效果比硝态氮好。因为水稻幼苗根中缺少硝酸还原酶，对硝态氮不能很好利用。除水稻本身原因外，水田中施用硝态氮易于流失，而且在淹水条件下的反硝化作用也是氮素损失的原因。因此，在水稻田施用硝态氮肥，有资料认为其肥效只有铵态氮肥的60%—70%。烟草和蔬菜是喜硝态氮的作物。硝态氮肥极易溶解，在土壤中活动性大，能迅速提供作物氮素营养，同时，又易于流失，肥效较短。这种特性符合烟草的要求，叶片要生长快，在适当时候又能落黄“成熟”。而且硝态氮有利于烟草体内形成柠檬酸、苹果酸等有机酸，烤出的烟叶品质好，燃烧性好。
蔬菜施用硝态氮产量高，如硝态氮低于肥料全氮的50%，产量明显下降。因此，生产烟草、蔬菜专用肥时，氮肥中要有一定比例的硝态氮。但由于在土壤水分、温度、通气条件适宜时，铵态氮可经硝化作用，氧化成硝态氮。所以，烟草、蔬菜也不是绝对不能施用含铵态氮的肥料。另外，施用硫酸铵等生理酸性肥料作物生长不好，往往不是由于铵态氮肥不宜，而是由于生理酸性造成的。