化肥实际上是植物可以吸收的物质，又称为“植物营养”。化肥中氮、磷、钾、硫、等营养元素与我们体内存在的和食物中的营养元素是相同的，化肥也是无毒的。化肥中的氮、磷、钾元素都来自于空气或土地，是自然中存在的天然物质。化肥生产过程是将自然界中的氮、磷、钾转化为作物可吸收的物质的过程。
误区二：自然界中既然有氮、磷、钾等元素，就不需要施用化肥
自然界中的营养元素不全面，也不完全是植物所需要的。自然界只能提供有限的植物营养，如果只依赖于天然土壤，需要几十年的积累才能使土壤中的有机物能够满足植物所需的营养元素。如果在天然土地上种植，一个季节的耕种就可能消耗掉土地几十年的养分积累。所以，施用化肥是补充土壤中养分的必要手段。
误区三：有机农业不使用肥料，尤其不能使用化肥
有机农业目前还没有公认的、严格的定义。有机农业也使用肥料，主要使用天然、有机肥料。如欧洲的有机农业规定：允许使用磷矿粉、钾矿，不允许使用普钙、重钙，我国绿色食品AA级标准规定只允许使用天然、生物肥料，A级标准规定有限度地使用化学肥料。实际上有机农业在肥料使用的规定上也令人费解，如欧洲制定有机农业标准的机构认为天然矿物肥料更纯净，对环境无害，我国AA级绿色食品只允许使用天然肥料（如磷矿石、草木灰）。实际上，天然矿物经过化学加工，其中的重金属等杂质大部分已随废渣排出，有害物质含量大大降低，化学肥料比天然矿物要纯净得多，对环境的危害更小。有机农业和绿色食品生产不应该随意控制某种肥料的使用，而应该看这种肥料对农产品品质及环境的影响。
误区四：化肥与有机肥养分相同，应该完全使用有机肥
如果仅使用有机肥，难以满足作物的全面、充足的养分需求，也就难以实现作物的高产、高质，或者需要大量地增加耕地面积。另外，有机肥料中氮磷钾比例差异很大，仅使用有机肥料难以达到平衡施肥的要求，例如，玉米仅施用有机肥，要满足氮的要求，则磷养分要超过玉米需求量的4～5倍，而化肥是最易实现平衡施肥的补充养分措施。有机肥与化肥的配合使用效果更好。我国农民历来重视有机肥料的使用，有机肥料的总量一直较稳定，随着化肥使用量的上升，有机肥料的比例有所下降，但在国际上也处于领先的水平。据农业部资料，我国目前有机肥料约占总肥料使用量的50％，欧盟目前的肥料养分比例是：化肥49％、有机肥49％、城市垃圾及废料2％，美国为：化肥68％，有机肥32％。
误区五：有机农业保护环境和野生动植物，常规农业对环境影响大
不论是有机农业还是常规农业，正确有效地使用肥料都不会对环境构成威胁，而常规农业的高产使我们在有限的土地上获得了充足的食物，如果全部依赖有机农业，全世界的土地也不能养活世界人口，这就需要大面积地开垦耕地，将对环境和野生动物造成更大的影响。
误区六：有机食品更加安全、健康，品质更好
关于有机食品的宣传给人造成的印象是“天然”、“有机”就是好的。实际上，世界上目前还没有确切的证据表明有机食品和常规食品的品质差异，即使是世界有机食品协会和负责的有机食品生产商也从未宣称有机食品品质高于常规食品。而正确施用化肥可提高作物品质是公认的。
误区七：化肥损失污染了河流、海洋，造成富营养化
虽然化肥的淋失可造成水体污染，但是水体污染的因素很多，化肥并不是主要因素，据有关资料，城市污水的排放量一般要远高于化肥淋失。另外，不论施用有机肥料和化肥都可能淋失，都可能对水体造成污染。如果在化肥施用时，控制好施肥时机和氮磷钾施用量，采用科学的施肥手段，则化肥的损失很容易控制。
误区八：没有化肥，也能养活世界人口
如果没有化肥，全世界将减产1/3的粮食；所有的森林、野生动物保护区、草地等都必须被用作耕地；食品价格将上涨，生活水平将下降。总之，人类的生活质量将大大倒退。化肥工业在提高农业产量，农产品品质、人民生活水平等方面发挥了重要的作用。今天在人们提倡绿色、环保的同时，对化肥的误解也较多。我国化肥生产和使用部门有义务积极宣传化肥的作用，消除人们对化肥的负面印象；同时，也应该大力开展科学施肥和农化服务，指导农民科学施肥，将化肥对环境的影响降低到最低程度。