1、可以提高肥效。如过磷酸钙、微量元素等肥料，施入土壤后易被土壤固定而失效。与有机肥混合用，由于减少了与土壤的接触面，减少了养分的固定，有机肥又可提高磷矿石的溶解度，在水田条件下更好。又如许多化肥与有机肥混合后，化肥可以被有机肥料吸收保蓄，减少流失。此外，化肥掺有机肥料还可以促进有机肥腐熟，提高肥效。
2、可以减少化肥可能产生的某些不利的副作用。在单独施用较大量化肥或化肥施用不均时，土壤溶液浓度高，影响作物吸水，甚至伤根，如与有机肥料混合就不会发生这一问题。另外，如长期单独施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，而产生过多的活性铁、活性铝等有害物质，对作物造成毒害。而同有机肥料混合施用，可以增加土壤的缓冲性能，防止土壤酸化。再比如，有的过磷酸钙含游离酸过多，做种肥时会影响种子发芽和幼苗生长，加入有机肥料后，中和游离酸，可减少对种子的危害。
3、可以增加作物营养。有机肥所含养分较全，肥效稳而长，含有机质多，能提高土壤有机质含量，改善土壤理化性质。不但可以供给作物，而且可以供给土壤微生物以氮、磷、钾等养分，以及维生素和生长激素等。有机肥施入后，土壤酶活性增强，有利于养分转化。如有机肥与过磷酸钙或过磷酸镁肥等混合，可以促进土壤中自生固氮菌的生长，增加作物氮素营养。
此外，在秸秆还田和施用未腐熟有机肥时，加入化学氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影响生长。